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Fondata nel 1874, la Society of Natural History di San Diego inaugurò il suo primo museo nel 1920 nella Casa de Balboa. L'attuale sede del museo (San Diego Natural History Museum), imponente edificio a due piani in Plaza de Balboa, fu terminata nel 1933. Dopo importanti lavori di ristrutturazione, nel marzo 2001 il museo riaprì con spazi espositivi più che raddoppiati e uno spettacolare atrio a quattro piani, con tetto di vetro, che si affaccia su una sala da 300 posti. Una selezione della collezione del museo è presentata in una nuova mostra permanente che simula un viaggio nella baia della California e nella regione di San Diego, dal fondo degli oceani fino al deserto, passando per le cime delle montagne. Quest'esperienza interattiva è arricchita da animali veri, bellissimi diorami e postazioni computerizzate. Il museo ospita inoltre mostre sulla geologia e la paleontologia, un centro di ricerca sulla biodiversità della California e un centro educativo sulle scienze ambientali.