L'antico refettorio del convento accoglie la celebre Ultima Cena di Leonardo da Vinci, affresco eseguito tra il 1485 e il 1497, su richiesta di Ludovico il Moro. Sapiente composizione (lo spazio dipinto sembra essere il prolungamento di quello reale) drammatica, ricorda l'istituzione dell'Eucaristia. Si noti anche la Crocifissione (1495) di Montorfano, sul muro di fronte, messa in secondo piano dall'Ultima Cena.