Questo museo si compone di un'importante sezione di archeologia etrusca e romana con, in particolare, pregevoli urne funerarie ritrovate nella tomba dei Cai Cutu, una sepoltura etrusca inviolata, utilizzata fra il III e il I sec. a.C. La collezione di antichità possiede il Cippo di Perugia (III-II sec. a.-C.), una stele in pietra le cui due facce presentano uno dei più lunghi testi scritti in lingua etrusca giunti fino a noi.