A sud del Prado, lungo il paseo, il giardino botanico di Madrid fu creato da Juan de Villanueva per volontà del re Carlo III. Inaugurato nel 1781, mirava a far conoscere le varietà di piante venute da tutti i possedimenti spagnoli. Gli alberi, molto diversi fra loro, offrono una frescura rigenerante. Le serre presentano un'interessante selezione di piante del deserto e delle foreste equatoriali.