Questo museo, accolto nella batteria detta della Madonna, eretta nel 1830 dagli Austriaci, rievoca la vita quotidiana nell'isola e gli episodi di resistenza all'epoca di Tito. Tuttavia, l suo interesse risiede in particolar modo nel frutto degli scavi locali e nei resti del ricco passato greco e romano. La principale attrattiva è costituita dalla celebre Testa di Artemide, una scultura greca in bronzo (IV sec. a.C.).