Costruita nel 1387, agli albori della cristianizzazione del paese, la chiesa di S. Giovanni esisteva già all'epoca della creazione dell'università ma ha assunto il suo aspetto barocco nel XVIII secolo. All'interno i 10 altari rimanenti dei 22 iniziali (XVIII sec.) formano un insieme ricco, complesso ma armonico, unico nel suo genere in questa parte d'Europa, mentre il sole illumina le vetrate colorate disegnate tra Parigi e Riga. Il campanile, alto 68 m, è il più alto della città vecchia.