Non lontano da Capo Carbonara che segna l'estremità meridionale dell'isola, lo stagno di Notteri è separato dal mare solo da una stretta fascia di sabbia fine. Il livello della distesa d'acqua (superficie di 34 ha e profondità di 50 cm massimo) è regolato solo dalle piogge, poiché non è alimentata da nessun fiume e non ha sbocco sul mare. Dalla pioggia dipende anche il livello di salinità dell'acqua, che, a sua volta, ha un impatto sul numero di fenicotteri che in inverno frequentano lo stagno.