Il museo di Santa Cruz occupa un bell'insieme plateresco la cui facciata è opera di Covarrubias. L'architettura interna spicca per il volume della navata e del transetto a croce greca, su due livelli. Sono inoltre degni di nota l'elegante patio plateresco ed il magnifico scalone. Il Museo contiene una bella collezione di dipinti e una quindicina di tele di El Greco, rappresentative delle varie tappe della vita del maestro.