Ospitato nel Mercado del Este dal 2013, questo museo presenta in modo molto suggestivo l'evoluzione della cultura e della vita quotidiana nella regione, dal paleolitico al Medioevo, grazie ai reperti provenienti dagli scavi effettuati nelle 50 grotte preistoriche della Cantabria. L'epoca più ricca è quella del paleolitico superiore. Il museo espone resti di animali, mobili, attrezzi, ceramiche, monete ed enormi stele di forma circolare, simboli della cultura preomana della Cantabria.