Con le sue due torri coronate da cupole rosa che si stagliano contro le colline circostanti di Mission Canyon, la chiesa della decima missione californiana - che è sempre stata una chiesa parrocchiale nei suoi 200 anni di storia - domina la città fisicamente e spiritualmente. A causa dell'imponente facciata, il sito è stato soprannominato "la Regina delle Missioni". La missione fu consacrata da Padre Fermín Lasuén nel 1786 (due anni dopo la morte di Padre Junipero Serra), anche se l'intero complesso fu ricostruito dopo il terremoto del 1812. Al termine della costruzione dell'attuale chiesa nel 1820, la missione viveva il suo momento di gloria. Oggi la missione funge non solo da chiesa parrocchiale ma anche da biblioteca di ricerca e da archivio per tutte le missioni californiane. Gli alloggi dei padri contengono artefatti della missione risalente ad un periodo che va dalla fine del XVIII all'inizio del XIX sec. comprendenti abiti e strumenti musicali. Dietro agli alloggi si trova un bel giardino che un tempo ospitava i laboratori degli abitanti della missione. All'interno della lunga e stretta chiesa si ammirano decorazioni dai vivaci colori; delle decorazioni delle pale d'altare (1806) restano solo frammenti. Ai due lati dell'altare si notano due dipinti a olio peruviani (1789): "L'Assunzione e l'Incoronazione della Vergine" e "La Crocifissione". Dalla porta laterale della chiesa si entra nel cimitero, dove furono sepolte 4000 persone.