Come molte cattedrali russe, San Nicola dei Marinai è composta da due chiese: une parte bassa, destinata alla liturgia quotidiana, e una parte alta che accoglie gli eventi festivi e le messe del week-end. Quest'ultima esibisce una decorazione opulenta, nello stile barocco in voga alla metà del XVIII sec. quando fu costruita su richiesta dall'imperatrice Elisabetta. Fu consacrata a San Nicola, patrono dei marinai, che vivevano numerosi nel quartiere.