La prima delle missioni fondate in California, con la sua facciata in stucco bianca e una torre campanaria con cinque campane, si erge in un luogo solitario sul pendio settentrionale della valle del fiume San Diego. La "Madre di tutte le Missioni" porta il nome di S. Didacus di Alcalá, un francescano spagnolo del XV sec. a cui si attribuivano virtù guaritrici. Padre Junípero Serra l'aveva originariamente eretta su Presidio Hill nel 1769 ma nel 1774 fu trasferita qui. Nel 1775 fu bruciata e saccheggiata a causa di una violenta rivolta degli indiani Kumeyaay. Nel 1776 fu terminato un più vasto complesso, cinto da alte mura in mattoni di paglia e terra e nel 1813 fu inaugurata una nuova chiesa, più vasta, dotata di contrafforti contro i terremoti. Nel 1824, al momento di massimo splendore, vivevano qui 1829 persone. La casa sobriamente arredata, in cui Padre Serra risiedeva durante le sue frequenti visite, è tutto ciò che è rimasto del monastero originario. Il ristretto interno della chiesa è stato restaurato, riportandolo all'aspetto che aveva nel 1813. Nel santuario si noti anche il dipinto settecentesco raffigurante St. Didacus, che scampò all'incendio del 1775, e le statue in legno che risalgono al precedente periodo della missione. Nel museo della missione si trovano manufatti ritrovati negli scavi archeologici.