Quest'elevata collina rappresenta il primo nucleo della storia coloniale spagnola dell'Alta California. Il bel parco paesaggistico comprende un interessante museo storico e resti dei primi insediamenti europei sulla costa occidentale degli Stati Uniti. Nel 1769 i due corpi di spedizione guidati da Gaspar de Portolá e Padre Junipero Serra arrivarono su questa collina via terra e via mare, scegliendo questo luogo per costruirvi una missione e un presidio. Anche se la missione fu trasferita nel 1774, il Presidio Reale, come venne chiamato lo stesso anno, rimase una attiva base militare per tutto il periodo spagnolo e messicano, e un piccolo insediamento fu eretto intorno alla fortezza. Dopo l'indipendenza messicana nel 1821, la fortezza fu abbandonata e gli abitanti trasferiti a valle dove fondarono la città vecchia. Nel primo decennio del XX sec. George White Marston acquistò a poco a poco la maggior parte di Presidio Hill, la abbellì e fece costruire il museo Junípero Serra. Marston donò il parco e il museo alla città di San Diego nel 1929.