Situato all'estremità occidentale di Mission Valley, questo imponente museo tutto bianco (1929, William Templeton Johnson) è un luogo storico di San Diego. Sormontato da una torre, la struttura in stile Mission Revival presenta caratteristici elementi neocoloniali spagnoleggianti quali tetti con tegole rosse, arcate e lucernari. Nelle 5 gallerie sono presentate mostre sui primi anni della storia di San Diego con notevoli mobili in stile rinascimentale spagnolo e una mostra sugli indiani che illustra i danni provocati dalla colonizzazione durante il periodo spagnolo e messicano.