Come la basilica, il battistero fu fatto erigere da Costantino nel IV sec. Oggi fa da cornice alle cerimonie del Sabato santo. Sisto III lo ricostruì nel V sec., facendo elevare al centro le otto colonne in porfido e facendo incidere, sulla trabeazione, versi celebrativi al battesimo. Il colonnato superiore e la lanterna furono aggiunti nel XVI sec. Diversi papi arricchirono il battistero di cappelle e Urbano VIII gli conferì l'aspetto attuale nel XVII sec.; gli affreschi risalgono a questa epoca.