L'antico convento di San Francisco ospita il Museo regionale di Querétaro. Più volte ristrutturato, questo magnifico edificio cinquecentesco è costruito intorno a tre patii, ravvivati da mosaici colorati e abbelliti da alberi di mandarini. Il pianoterra è dedicato all'archeologia e alla cultura otomi. Al primo piano, la collezione di dipinti dei sec. XVII e XVIII è particolarmente interessante (opere di Cristobal de Villalpando e di Juan Correa). Varie sale evocano la storia dell'indipendenza e la triste fine di Massimiliano.