Alla stregua di tutti gli edifici religiosi di congregazioni femminili, si entra nella chiesa di Santa Clara (1606) dalla facciata laterale. Il suo interno è di straordinaria ricchezza. Il coro, da cui le monache assistevano alla funzione, è separato dalla navata centrale da una cancellata in ferro battuto magnificamente traforata. I retabli laterali, finemente scolpiti e dorati a foglia oro, sfoggiano tutta l'esuberanza del barocco churrigueresco. Manca purtroppo il retablo dell'altar maggiore, che fu sacrificato in base ai dettami dello stile neoclassico.