Centro della setta Hosso, questo tempio (680) è uno dei più antichi e più sacri della città. Gravemente danneggiato da un incendio nel 973 e poi nel 1528, Yakushi-ji è stato completamente ricostruito, fatta eccezione per To-to, la pagoda dell'Est. Alta tre piani (34 m), sembra averne sei a causa delle tettoie intermedie. IlKon-do, atrio principale (1635), accoglie una grande triade in bronzo del Buddha Yakushi risalente al 697, molto influenzata dallo stile naturalista dei Tang cinesi. Il capolavoro del Toin-do, o padiglione dell'Est (1285), è una Sho Kannon del VII sec. dall'influenza indiana.