Proprio in questo edificio, nella Casa de Inquisición, si è riunito il Tribunale della Santa Inquisizione di Lima, dal 1584 alla fine del XVIII sec. Oggi vi si trova una specie di «museo delle cere» della tortura: al piano interrato, visibile dal piano terra, si vedono le antiche segrete con tanto di catene. Il Perù, dopo aver sciolto il Tribunale dell'Inquisizione, decise di ospitare in questo edificio il primo Senato (1829-1838). Il passato repubblicano del paese viene evocato nella seconda parte del museo.