Le collezioni provengono dagli scavi realizzati a Capula, Cucuruzzu, Caleca e Curacchiaghju. Di particolare interesse il più antico resto umano mesolitico riportato alla luce in Corsica, detto la "Dama di Bonifacio"; utensili di selce e ossidiana neolitico); ceramiche, gioielli e parure (età del bronzo e del ferro); monete e stoviglie originali (Medioevo). In un altro ambiente è ospitato il Cristo in avorio (1516 ca) realizzato da un allievo di Donatello.