La forma attuale a tre navate di questa chiesa del XIII secolo risale alla fine del XV secolo. La chiesa deve la sua celebrità a J. Sebastian Bach, che ne fu "cantore" e che riposa nella chiesa, e al Thomanerchors, il coro della scuola di S. Tommaso fondato nel XIII secolo. Oggi annovera 80 cantanti che si esibiscono per i vespri del venerdì, il sabato e la domenica.