Allestito intorno al chiostro, il museo è stato ampliato e presenta documenti ed oggetti legati alla storia della diocesi. Nell'ex refettorio sono esposti dipinti romani e gotici provenienti da chiese della regione. Un'altra sala è dedicata agli straordinari affreschi della chiesa di Bagüés, il più grande complesso di dipinti romanici spagnoli. La visita comprende anche sale dedicate al Gotico, al Rinascimento e al Barocco.