Il Museo storico di Creta offre l'occasione di conoscere meglio la cultura e la storia dell'isola: diciassette secoli presentati in maniera cronologica e introdotti da un interessante plastico di Héraklion. Il museo presenta, fra l'altro, le due sole opere di El Greco presenti a Creta: il Battesimo di Cristo (1567) e la Vista del monte Sinai e del monastero di Santa Caterina (1570), un profilo dello scrittore Nikos Kazantzakis, originario di Héraklion e, infine, una piccola sezione etnografica.