Fondato da Joana de Mendonça, seconda moglie del duca Dom Jaime I, l'ex convento delle Piaghe è situato a sud della piazza del palazzo e accoglie oggi una lussuosa pousada. La chiesa, con le mura ricoperte di azulejos del 1626, conserva le tombe delle duchesse di Braganza. Nel convento si trovano anche numerosi affreschi, in particolare intorno al chiostro.