Il museo è dedicato alla storia della potenza marittima della Serenissima. Una sala è dedicata al Bucintoro, la nave cerimoniale del doge, distrutta da Napoleone nel 1798 e attualmente in fase di ricostruzione. Parte della collezione è esposta al Padiglione delle Navi. Nei capannoni dove venivano fabbricati i remi sono esposte una cinquantina di imbarcazioni.