Il Museo del Vicereame trova collocazione in un vasto insieme che fu al contempo luogo di culto e di studio per i gesuiti e i francescani giunti a Tepotzotlán a partire dal XVI sec. La visita dei vari edifici (chiesa di San Francisco Javier, chiostri, cappelle) consente di ammirare un vero e proprio tesoro d'arte coloniale, attraverso splendide opere d'arte ed oggetti di uso comune.