Situata vicino alla cittadella, questa basilica fu commissionata dall'imperatore Giustiniano (VI sec.) per onorare la memoria di San Giovanni. Secondo la leggenda, l'apostolo ritornato da Patmos, dove era stato esiliato, avrebbe redatto il Vangelo in questo luogo, prima di morire. Questa basilica, testimonianza emblematica dei santuari bizantini primitivi (con tre navate e un transetto chiuso dall'abside) è caratterizzata da un'innovazione importante, rappresentata dalle cupole.