Fondata sulle rive del fiume Guadalupe nel 1777, l'ottava missione della California era in origine situata vicino alla baia di San Francisco, ma fu poi trasferita nel sito attuale nel 1781. La missione prosperò fino a quando un terremoto distrusse il complesso nel 1812. La nuova chiesa, terminata nel 1814 ed utilizzata dapprima come missione, fu distrutta da un incendio nel 1926. L'edificio attuale evoca la chiesa originale in mattoni di paglia e argilla del 1784. La chiesa, caratterizzata da un campanile, presenta all'esterno statue di santi e un tetto con tegole di argilla ricavate dalle rovine delle precedenti missioni. La croce in legno situata di fronte alla chiesa risale alla fondazione della missione nel 1777. L'interno in stile vittoriano presenta un soffitto dipinto con una copia degli affreschi originali eseguiti dall'artista messicano Augustín Davila. La semplice cappella di San Francesco (dietro al santuario principale) presenta elementi d'epoca.