Il museo è situato in uno dei padiglioni dell'Hôtel-Dieu (XVII- XVIII sec.), in cui nacque Flaubert, figlio di un chirurgo dell'ospedale. Vi sono conservati oggetti e documenti appartenuti alla famiglia dello scrittore, strumenti chirurgici del XIX sec., fiale per medicinali e documenti che evocano la situazione degli ospedali di Rouen nei secoli passati. Grazioso il piccolo giardino con piante medicinali.