Dopo essere servita nel XVIII secolo da luogo di esecuzione dei criminali, l'isola fu acquistata da un certo Samuel Ellis, poi rivenduta allo stato di New York nel 1808. Alla chiusura del centro di accoglienza degli immigranti di Castle Clinton nel 1890, Ellis Island fu scelta come porta d'ingresso del Nuovo Mondo. Il sito ospita oggi l'Immigration Museum dove sono presentate tutte le tappe subite dai nuovi arrivati, prima di essere ammessi in America o respinti, il più delle volte, per ragioni di salute.