Situato in due edifici distinti, l'ala ovest del monastero dei Geronimiti e il padiglione delle Galiote, il museo della Marina presenta il passato marittimo portoghese. Vi si ammirano numerosi modellini di imbarcazioni di varie epoche, che illustrano le scoperte geografiche, la marina militare (carte d'epoca) e la marina da pesca. L'imbarcazione di maggiore interesse per la sua decorazione è il brigantino reale costruito nel 1778 per il matrimonio del futuro re Giovanni VI.