Attiguo alla chiesa di São Roque, il museo di arte sacra espone dipinti portoghesi del XVI sec. e una parte del tesoro della cappella di São João Baptista. Notevoli gli arredi e i pezzi di oreficeria di artisti italiani del XVIII sec., adorni di una ricca decorazione barocca. Il museo ospita anche una bella sezione di arte orientale, con un Cristo in avorio di origine indiana risalente al IV-V sec.