Il protestantesimo occupa un posto importante a La Rochelle, non fosse altro che per i terribili assedi che ha dovuto subire la città nel 1573 e nel 1627 a causa delle fede della sua popolazione. Il museo ripercorre la storia della religione protestante nella regione e presenta diversi documenti (tra cui la Confessione di fede di La Rochelle e una bibbia del 1606), nonché un tavolo e un pulpito smontabili legati al periodo del Deserto.