È in questo monastero, aggrappato alle rocce a strapiombo e formato da edifici del XIII sec. che San Francesco istituì la tradizione del presepio. La cappella del Presepio è decorata con affreschi della scuola di Giotto. Si possono inoltre visitare i luoghi dove visse il Santo e, al piano superiore, la chiesa primitiva, che data del 1228 ed ha conservato l'arredamento d'origine.