Il Museo di Pittura riunisce molte tele di scuola veneziana del XVI sec. come L'Annunciazione del Veronese e La Natività del Tintoretto e varie opere del Tiziano. La collezione comprende anche opere di Van Dyck, Rubens, Luca Giordano, Zurbarán, Ribera... Non perdete Il Martirio di S. Maurizio e la Legione tebana di El Greco, che sconcertò anche Filippo II per la sua originalità. Il Museo di Architettura evoca la costruzione del monastero.