San Francesco, dopo aver fatto riconoscere dal papa il proprio ordine (1210), iniziò un itinerario apostolico del quale Cortona fu una delle prime tappe. Qui, alle Celle, fondò la prima comunità, attirato dal silenzio e dalla sobrietà del luogo. Composto da case abbarbicate sulla collina, il convento francescano conserva l'oratorio primitivo dei primi compagni del Santo e, dietro l'altare, la minuscola cella del Poverello che vi ritornò dopo aver ricevuto le stigmate.