Il MAEC presenta, su quattro piani, la storia della città, dall'età del bronzo ai giorni nostri. Le collezioni più importanti riguardano l'epoca etrusca e ci ricordano che Cortona fu una delle più ricche città-stato d'Etruria; ma il museo custodisce anche un interessante insieme di oggetti egizi e importanti pitture e ceramiche dei secoli XIV-XVIII.