Il museo ospita vari oggetti appartenuti alla confraternita della Santa Casa della Misericordia, pannelli di ceramica rinascimentale e del XVIII sec. e i ritratti dei benefattori di questo istituto di beneficenza. Da vedere anche la cappella della Misericordia dove si trova la volta del grande altare, ornata da simboli religiosi e profani, relativi alle grandi scoperte geografiche, nonché la sacrestia, completamente rivestita di azulejos. Dalla cima della torre dell'orologio si ha una bella vista sulla città.