Il Museo archeologico si trova nell'antica basilica di Agios Frangiskos, che accoglie in una armoniosa scenografia il ricco passato dell'antica Kydonia. Sono esposti gioielli, magnifici sarcofaghi in terracotta dipinta, statuine di tori ritrovate a Tsikiana, monete cretesi, un mosaico di età romana e oggetti di epoca minoica.