Nei 7000 m2 del museo vengono affrontati in maniera didattica l'attività marittima, commerciale ed industriale del porto di Bilbao. Il pianterreno si concentra sullo sviluppo della ría nel XIX sec. Fermatevi a contemplare il relitto d'Urbieta (XV sec.) portato alla luce nel 1998 nell'estuario di Guernica. Il secondo livello presenta Bilbao come porto commerciale, porto industriale e cantiere navale (foto, modellini, cartografia e documentari). All'esterno del museo, è possibile visitare qualche imbarcazione.