Scoprire Besançon e al contempo arricchire le proprie conoscenze sull'evoluzione del mondo animale non sono ambizioni contraddittorie, grazie a questo museo che ospita un insectarium (formicaio, ragni, fasmidi, etc.), l'acquario (fauna acquatica fluviale, dalla trota al pesce siluro), il giardino zoologico (anche specie minacciate) e il noctarium dove ci si troverà faccia a faccia con topolini di campagna e ratti di fogna.