Ospitato nell'edificio gotico della Pia Almoina (XIV sec.), dove si trovano una bella galleria gotica nonché la Sala Mayor, con dipinti murali, il museo archeologico presenta la storia della regione dalla preistoria al Medioevo. Nelle sale dedicate alla paleontologia e alla preistoria si osservano resti archeologici trovati nella regione del Pla de l'Estany. Spiccano, tra gli altri, la copia della famosa mascella di Banyoles, resto umano del Paleolitico inferiore.