Costruita in marmo di Arrabida nel 1491, la chiesa del Gesù è stata progettata da Boytac. È il primo esempio dell'arte manuelina. Le pareti sono in parte rivestite da azulejos del XVII secolo. Il museu de Setúbal è allestito nel convento. Le gallerie di pittura del XV sec. ospita un'importante collezione di quadri di primitivi portoghesi (XV-XVI sec.). Tutti questi dipinti sono stati realizzati da un autore sconosciuto indicato come "il maestro della pala di Setúbal".